Lab Services : Bacteriology

Microscopic

Preliminary examination to determine the further identification.
Types of microscopic examination:

  • Gram for aerobic bacteria
  • Albert for diphtheria
  • Nugent criteria for bacterial vaginosis
  • Wet mount for Trichomonas

Culture for Aerobic Bacteria

To isolate pathogenic bacteria from clinical specimens that cause infection. Specimens:

  • Sputum
  • Pleural fluid
  • BAL
  • Wound/Pus
  • Feces
  • Urine
  • Cerebrospinal fluid
  • Ascites fluid
  • Gastric rinse
  • Nasal swab
  • Ears swab
  • Rectal swab
  • Fluid vesicle
  • Liquid aspirate
  • Throat swab
  • Tissue
  • Vagina swab/discharge
  • Endoservical swab
  • Urethra swab/discharge
  • Endometrium Biopsy
  • Blood
  • Catheter tip (must be accompanied by a peripheral blood sample)

Principles of work and interpretation of results

A. Aerobic cultures

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly: for initial identification, determining specimen quality, and determining the choice of culture medium.
  • Grow on suitable media, i.e. blood agar, chocolate, and Mac Conkey. If from the throat swab there is suspicion/request for diphtheria examination, the specimen is also planted on tellurite agar and Albert's stain is performed..
  • Aerobic culture of feces/rectal swab to look for Salmonella-Shigella bacteria, the media used were Salmonella-Shigella (SS) agar, EMB, and selenite broth.
  • Aerobic culture for Vibrio, specimens grown on TCBS and peptone-alkali media.
  • In addition to aerobic culture of urethral swab/endocervical swab/endometrial biopsy specimen, examination is also carried out to look for Neisseria gonorrhoeae bacteria
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).).

B. Urine culture

  • Performed Gram microscopic examination of urine specimens directly: for determining specimen quality
  • Performing culture using colony count method for each type of bacteria
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).).

C. Blood Culture

  • Inoculated the specimens into blood culture bottles
  • Performing Gram stain of positive culture
  • Report Gram stain results as a critical result if bacterial morphology is found
  • Grow on suitable media.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).).

D. Culture of Throat Swab for Diphtheria

  • Performed Albert staining to see the presence of metachromatic granules Babes Ernst
  • Inoculated on Tellurit agar
  • Performing Albert stain of positive culture
  • Performed identification on purified colonies, using the Vitek2 ® automated method.
  • The sensitivity test is carried out using the disc diffusion method
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).

E. Sputum Culture

  • Performed a Gram stain of sputum specimens, to determine sputum quality
  • Culture on blood agar, chocolate agar, and MacConkey agar
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

F. BAL Culture

  • Performed a Gram stain of BAL specimens
  • Performing culture using the colony count method for each type of bacteria
  • Performing Gram stain of positive culture
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

G. Sterile Body Fluid Culture

(cerebrospinal fluid, joint fluid, pleural fluid, peritoneum, pericardium, amnion, cul-de-sac)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly: for initial identification and determining the choice of culture medium
  • Inoculating on a suitable medium
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

H. Culture of The Wound Specimen

(Deep and superficial abscess, Tissue, wound bed swab)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly.
  • Performed culture on blood agar, chocolate agar and MacConkey agar. If there is any residual specimen, put into thioglycolate broth.
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

I. Bacterial Culture of The Suspect Neisseria Gonorrhoeae

(vaginal discharge/swab, endocervical swab, urethral discharge/swab, endometrial biopsy, urine)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly
  • Performed culture on blood agar, chocolate agar or Thayer Martin
  • Incubate in a CO2 incubator or in a candle jar
  • Performing Gram stain of positive culture
  • Performed identification testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).

J. Tissue Culture

  • Homogenizing or destroying tissue, aseptically using a scalpel.
  • For tough tissue, slice aseptically with a scalpel or scissors.
  • Performed culture on blood agar and MacConkey agar.
  • Inoculate it in thioglycolate medium.
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

K. Culture of Eye Specimens

(corneal swab, conjunctival swab, vitreous)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly
  • Performed culture on blood agar, chocolate agar and MacConkey agar
  • Inoculate it in thioglycolate medium
  • Incubate in a CO2 incubator
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

L. Culture of Ear Specimens

(external ear swab, tympanocentesis fluid)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly
  • Performed culture on blood agar and MacConkey agar
  • Inoculate it in thioglycolate medium
  • Incubate in a CO2 incubator
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH)

M. Anaerobic Culture

(Blood, tissue, pus, body fluids, suprapubic urine)

  • Performed Gram microscopic examination of specimens directly
  • Performed culture on Brucella agar and Brucella agar consist of Kanamycin
  • Incubate in anaerobic jar, which is equipped with an anaerobic gas pack.
  • If growth is found, then Gram stain will be performed on growing colonies.
  • Performed identification and susceptibility testing on purified colonies.
  • Reporting results are approved by Daily Person in Charge at Laboratory (PJLH) and validated by Daily doctor in charge at laboratory (DPJLH).

Mikroskopik

Pemeriksaan awal untuk menentukan identifikasi berikutnya. Jenis pemeriksaan mikroskopik:

  • Gram untuk bakteri aerob
  • Albert untuk difteri
  • Kriteria Nugent untuk bakterial vaginosis
  • Sediaan basah Trichomonas

Kultur Bakteri Aerob

Menemukan bakteri patogen penyebab infeksi yang diisolasi dari spesimen klinis. Jenis sampel:

  • Sputum
  • Cairan pleura
  • BAL
  • Luka/Pus
  • Feses
  • Urin
  • Cairan otak
  • Cairan asites
  • Bilasan lambung
  • Swab hidung
  • Swab telinga
  • Swab rektal
  • Cairan vesikel
  • Cairan aspirat
  • Swab tenggorok
  • Jaringan
  • Swab/sekret vagina
  • Usap endoservik
  • Swab/sekret uretra
  • Biopsi endometrium
  • Darah
  • Ujung tip kateter (harus disertai sampel darah perifer)

Prinsip kerja dan interpretasi hasil:

A. Kultur Aerob

  • Pemeriksaan mikroskopik Gram langsung pada spesimen: untuk identifikasi awal, menentukan kualitas spesimen, dan menentukan pilihan medium kultur.
  • Menanam pada perbenihan yang sesuai, yaitu agar darah, coklat, dan Mac Conkey. Jika dari swab tenggorok ada kecurigaan/permintaan pemeriksaan difteri, spesimen ditanam juga pada agar tellurit dan dilakukan pewarnaan Albert.
  • Untuk kultur aerob dari feses/swab rektal untuk mencari bakteri Salmonella-Shigella, media yang digunakan agar Salmonella-Shigella (SS), EMB, dan kaldu selenite.
  • Kultur aerob untuk mencari Vibrio, spesimen ditanam pada media TCBS dan peptone-alkali.
  • Untuk spesimen swab uretra/swab endoserviks/biopsi endometrium, selain biakan aerob, pemeriksaan juga dikerjakan untuk mencari bakteri Neisseria gonorrhoeae
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) & disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

B. Kultur Urin

  • Melakukan pewarnaan gram dari spesimen urin untuk menilai kualitas spesimen.
  • Melakukan kultur dengan metode hitung koloni tiap jenis bakteri
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

C. Kultur Darah

  • Memasukkan spesimen ke dalam botol kultur darah
  • Melakukan pewarnaan Gram dari kultur positif
  • Melaporkan hasil pewarnaan Gram jika ditemukan morfologi bakteri sebagai hasil kritis
  • Menanam pada perbenihan yang sesuai
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

D. Kultur Usap Tenggorok untuk Difteri

  • Melakukan pewarnaan Albert untuk melihat adanya granula metakromatik Babes Ernst
  • Menanam pada perbenihan agar Tellurit
  • Melakukan pewarnaan Albert pada koloni yang tumbuh
  • Melakukan identifikasi menggunakan metode otomatis Vitek2®.
  • Hasil uji kepekaan untuk difteri menggunakan metode uji difusi cakram.
  • Pelaporan hasil disetujui oleh Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan oleh dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

E. Kultur Sputum

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen sputum, untuk mengetahui kualitas sputum
  • Melakukan kultur pada perbenihan agar darah, coklat, dan MacConkey
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

F. Kultur BAL

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen BAL.
  • Melakukan kultur dengan metode hitung koloni tiap jenis bakteri
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

G. Kultur Cairan Tubuh Steril

(Cairan otak, Cairan sendi, cairan pleura, peritoneum, pericardium, amnion, cul-de-sac)

  • Melakukan pewarnaan Gram untuk identifikasi awal dan menentukan pilihan medium kultur
  • Menanam pada perbenihan yang sesuai
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

H. Kultur Spesimen Luka

(Abses dalam maupun superfisial, Jaringan, swab dasar luka)

  • Membuat sediaan Gram dari spesimen langsung.
  • Melakukan kultur pada agar darah, agar coklat dan agar MacConkey. Jika ada sisa sampel, sampel dimasukkan ke dalam kaldu thioglikolat.​
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

I. Kultur Bakteri tersangka Neisseria Gonorrhoeae

(Sekret/swab vagina, usap endoservik, sekret/swab uretra, biopsi endometrium, urin)

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen langsung
  • Melakukan kultur medium Agar Darah dan Agar Coklat / Thayer Martin
  • Melakukan inkubasi pada inkubator CO2 atau dalam sungkup lilin
  • Melakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi menggunakan metode otomatis Vitek2®.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

J. Kultur Jaringan

  • Homogenisasi/menghancurkan jaringan, secara aseptic dengan skalpel.
  • Untuk jaringan yang keras, iris secara aseptik dengan scalpel/gunting.
  • Melakukan kultur pada medium Agar Darah dan Agar MacConkey.
  • Menginokulasikannya di medium tioglikolat.
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

K. Kultur Spesimen Mata

(swab kornea, swab konjungtiva, cairan vitreus)

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen langsung
  • Melakukan kultur pada medium Agar Darah, Agar Coklat dan MacConkey
  • Menginokulasikannya di medium tioglikolat
  • Melakukan inkubasi pada incubator CO2
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

L. Kultur Spesimen Telinga

(swab telinga luar, cairan timpanosentesis)

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen langsung
  • Melakukan kultur pada medium Agar Darah dan MacConkey
  • Menginokulasikannya di medium tioglikolat
  • Melakukan inkubasi pada incubator CO2
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan pada koloni yang sudah murni.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

M. Kultur Anaerob

(Darah, jaringan, pus, cairan tubuh, urin supra pubik)

  • Melakukan pewarnaan Gram dari spesimen langsung
  • Melakukan kultur pada medium Agar Brucella dan Agar Brucella Kanamisin.
  • Inkubasi dalam jar anaerob, yang dilengkapi gas pack anaerob.
  • Jika didapatkan pertumbuhan: dilakukan pewarnaan Gram pada koloni yang tumbuh.
  • Melakukan identifikasi dan uji kepekaan.
  • Laporan hasil disetujui Penanggung Jawab Laboratorium Harian (PJLH) dan disahkan dokter penanggung jawab laboratorium harian (DPJLH).

Location Address

Jl. Pegangsaan Timur no. 16, Cikini
Jakarta Pusat, 10320

Phone : (021) 3160491-2, 31922850, 3100806
email: lmk.fkui.rscm[at]gmail.com

WhatsApp Hotline 1 (Office Hours)
WhatsApp Hotline 2 (08.00 - 22.00)

Service Hours

Monday-Friday:
08.00 to 18.00

Saturday:
08.00 to 12.00

Links

© 2022. UKK PPM Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia